艾克斯奥特曼所在的世界！最近也发生了一件大事。
XIO的实验室内，梵顿星人讲解了小时候自己遇到过的奥特曼的传奇故事，随即便展示了自己新发明的贝塔魔棒，说可以召唤来奥特曼。
在琉依与阿守的期待下，梵顿星人进行了演示，随后贝塔魔棒爆炸。
原本因为吃着点心而被副队长吓得哆嗦的众人，听到了突然响起来警报声。
在某个超古代的遗迹处发现异常的电磁波，于是大地与明日奈前往调查。途中偶遇了玉城教授与她的儿子悠斗，并发现了大富豪黑崎先生，他擅自爆破了巴萝慈遗迹的入口并进入遗迹。
进入遗迹后一行人发现了超古代的巨人迪迦的石像，并且还有一块青石，青石上有一块石碑。
玉城教授翻译上面的文字：“圣物将天之光与地之光相连接，当连接之光复苏之时，黑暗将回归至黑暗之中，将这个石头交给拥有连接之光之人。”
而一心想出名的黑崎却执意要带走青石，因此与玉城发生了争执，最终玉城未能阻止黑崎。
突然被封印在遗迹中的魔兽跑了出来，大地与艾克斯一体化与之战斗，但这只巨兽实在太强，轻松将艾克斯击败，而艾克斯终端也因为高温被破坏。
众人与玉城母子回到XIO基地，玉城透露，这只巨兽是阎魔兽·赛格古。要再次封印赛格古，需要将那个青石回归原位。
高田琉依带着悠斗参观实验室，格尔曼博士向悠斗展示了六名奥特曼的电子虚拟卡片，而悠斗受母亲研究的影响，也喜欢收集一些奇怪的东西。
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于是悠斗也向几位展示了自己的一些收藏，而其中一个神光棒的石像引起了梵顿星人的兴趣。
而此时，黑崎正在做一档节目介绍自己得到的这块青石。同时，阎魔兽赛格古正在向着巴萝慈青石袭来。
队长立刻派明日奈队员与玉城教授去取回青石，其余队员使用了XIO所有的强力技术前往阻止赛格古。
明日奈，玉城与黑崎因为争夺青石斗得不可开交，而他们所在的大楼也被赛格古破坏，一行人陷入危机之中。
在XIO实验室中，悠斗与格尔曼等人看见了黑崎的直播，悠斗坚决要去救妈妈，这时实验室内的神光棒与青石同步发光，紧接着艾克斯终端也开始发光。
大家恍然大悟，原来这就是传说中的连接之光，于是琉依带着艾克斯前往大地的身边，而XIO与赛格古军团的战斗还在持续。
大地与悠斗进入了大楼，此时玉城已经被落下的钢架压住，黑崎捡起了青石准备逃走，但突然良心发现，开始帮助玉城教授，但最后又腰却闪了。
这时悠斗和大地也到达，并与明日奈一起帮助玉城教授，玉城再三让悠斗逃跑，但悠斗不愿放弃，喊道“我绝对要保护好妈妈”。
于是奇迹出现了，悠斗举起了钢架救出了妈妈，石头的神光棒复苏了，艾克斯终端也复原了，而随着赛格古对大楼的破坏，墙体倒塌，悠斗大喊并启动了神光棒，变身成为迪迦奥特曼。
大地也成功与艾克斯完成一体化。
当明日奈等人逃出来之后，手里的青石飞向天空，变成了红色的光球，光球落下，随之出现的是初代奥特曼。
于是乎，三大奥特曼与赛格古军团的战斗开始了！
初代，艾克斯，迪迦。
赛高古，哥尔赞，安东拉。
三个奥特曼，三个怪兽，就是按照这个顺序进行着对峙着。
突然初代想起来一件事情，这里貌似并不是他的主场，而他又占据着C位。
于是，初代便跟艾克斯调换了位置，从而把中间C位让给了艾克斯。
自己这位前辈可是相当地道的！肯定是不会抢后辈的戏份，更不会把后辈的剧场版变成自己的剧场版。
“所有人听令！配合三位奥特曼，同心协力消灭怪兽！”队长发布命令。
“了解！”明日奈，隼人，阿渡点头。
初代，艾克斯，迪迦，哥尔赞，赛高古，安东拉纷纷冲向彼此的对手。
先把目光放在初代与哥尔赞这边！
初代二话不说的直接一脚蹬在哥尔赞的身上，哥尔赞刚准备还击就被初代给打断掉。初代一拳砸在哥尔赞身上，哥尔赞痛的嗷嗷叫。
哥尔赞愤怒的朝着初代发出光线，初代往后一躲，光线击中到地面。随即初代一跃而起，将哥尔赞扑倒在地。
初代跨坐在哥尔赞身上，不断的挥拳暴揍着身子下方的哥尔赞。
艾克斯与赛高古撞到一起，随即就被赛高古给撞退出去。赛高古自然不会如此轻易的就放过艾克斯，继续撞向艾克斯。
艾克斯一不小心摔倒在地，赛高古踩在艾克斯身上，一只脚不断的抬起踩下。
艾克斯一脚将赛高古踢开，随后立刻从地面上爬了起来。艾克斯刚摆出要攻击的架势，赛高古已经再次袭来。
迪迦一记铁山靠击退安东拉，后退额过程中安东拉头上的铁钳朝着迪迦剪来。
迪迦抓住安东拉的一只铁钳，随后朝着安东拉头部来了一拳。安东拉后退，失去平衡的摔在地上。
迪迦继续攻击着安东拉，抓起安东拉的一对儿铁钳之后将其高高的举起，随即在将安东拉远远的抛出去。
“砰！”的一声，安东拉狠狠地砸到地上，溅起大量的尘土。
艾克斯，明日奈一同攻击赛高古。
明日奈扛着炮筒朝着赛高古开炮，相当粗的光线击中在赛高古身上，从而阻止了赛高古对艾克斯的攻击。
安东拉站起身来之后张开翅膀直接飞向天空，迪迦随即变成空中型追了上去。
艾克斯再次被赛高古揍到地上，初代将哥尔赞击退出去之后急忙跑过来救援。两个人一同推着赛高古，结果赛高古很轻松的就推开这两个人。