经过长期的战争，前线的战事也一再受阻。萧朝贵在一次攻打长沙的战役中，被孙膑设计斩杀。而冯云山也在攻打桂阳的时候，因箭伤感染，回到零陵后不治而终。
洪秀全在通过暗报得知，杨秀清已在交州独掌大权，逐步开始清剿其他将领的心腹。
得到消息的洪秀全气愤不已，遂派正在零陵休整的韦昌辉、石达开，返回交州交趾龙编城，平定杨秀清叛乱。
然而，韦昌辉和石达开，到达龙编城的时候，还是有些晚了。
杨秀清已经不顾情谊，攻进大贤良师府，斩杀了三分一，总计超过百人的天王家眷！
韦昌辉和石达开，来不及顾及长途奔袭之累，率众迅速包围杨秀清的部族，当场斩杀杨秀清。
不知道是因为愤怒，还是恐惧，亦或是杀红了眼！
韦昌辉决定斩草除根，杨秀清家眷及其部将家属，总共两万余人，无一幸免！说句过分点的话，就连老鼠洞都被掏了至少三遍。整个屠杀过程持续了三月有余。
也正是因此，石达开与韦昌辉开始决裂，经过了数次劝谏无果后，带着心腹千余人，离开交趾西进，正式离开了四分五裂的二代黄巾军。
当洪秀全得知平定杨秀清叛乱的具体情况，以及石达开出走之后，也是扼腕叹息。但当下的局势，洪秀全既没有办法分兵去控制交趾的事宜；也没有精力派人追回石达开。
因为在二代黄巾军暂停攻打武陵、长沙、桂阳三郡之后。
三郡组织了精锐部队，反攻零陵。
而且长沙的孙策势力，与桂阳的项燕势力，也暂时放下各自的恩怨，组成联军同时出兵进攻零陵。
就连丧失武陵郡大半地域的，武陵郡太守金旋，也组织起四散的部队，开始反攻。但二代黄巾军，被孙策和项燕联军的牵制，根本就派不出大将前去迎击，原本占领的武陵郡地盘，又再次逐步回到金旋之手。
孙策自任主将，以周瑜为军师，带领周侗、周勃、黄盖，反攻零陵北部的昭阳、烝阳等地；孙膑三万水军守卫长沙北疆，防备江夏的黄祖趁机南下；程普、韩当率军在长沙、桂阳边境驻防，以防止项燕偷袭。
项燕军，由项羽任主将，范增为军师，虞子期、钟离昧、桓楚等大将，进攻零陵南部的冷道、营道、营浦等地；项燕、项伯驻守耒阳，防备孙策；项梁、项庄驻守桂阳东南，观望扬州豫章郡、交州南海郡。
这对洪秀全造成了很大的压力，石达开的离开，韦昌辉清缴杨秀清之后的尾大不掉，都对本就因为缺粮而撤兵的二代黄巾军，造成了巨大的压力。
无奈之下，洪秀全紧急从家族后辈中，提拔起来十数员本族子弟，作为将军统兵防御孙、项联军。至于军粮，只能从百姓身上刮捡。这也让各地欺压百姓的无赖得到了机会，从百姓身上刮捡下来的物资，被这些无赖逐渐扣押。
起初这些无赖还只敢扣押一成不到，但当他们发现即便扣押了物资，也仅仅只是被骂一顿，并没有足够分量的将领前来调查后，胆量也越来越大。
到到后面，他们甚至敢扣押七成以上，只有不到三成送去前线。
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